Kuoron a cappella -ohjelmisto sisältää 1900-luvun kirkkomusiikkiteoksia kuten Joonas Kokkosen Laudatio Domini, Einojuhani Rautavaaran Magnificat ja Urmas Sisaskin Benedictio. Lisäksi Harjun Kamarikuoro laulaa pienimuotoisempaa ohjelmistoa perinteisistä sekakuorolauluista madrigaaleihin ja jazziin. Urkusäestykselliseen materiaaliin sisältyy mm. Bachin motetteja, Edward Elgarin teoksia ja Brittenin Rejoice in the Lamb.
Kirkkomusiikin suurista kuoroteoksista ohjelmistossa ovat olleet:
J.S. Bach:
• Johannes-passio
• Matteus-passio
• Jouluoratorio
• h-mollimessu
• Magnificat
G. F. Händel:
• Messias-oratorio
• Utrecht Te Deum
• Dixit Dominus
Ludvig van Beethoven:
• C-duurimessu
W.A. Mozart:
• Missa Solemnis
Felix Mendelssohn Bartholdy:
• Paulus-oratorio
Zoltan Kodaly:
• Missa Brevis
Maurice Duruflé:
• Requiem
Benjamin Britten:
• Saint Nicholas-kantaatti
Alfred Schnittke:
• Requiem
Claudio Monteverdi:
• Maria-vesperit
• Vuonna 2004 Harjun Kamarikuoro kantaesitti Jaakko Mäntyjärven teoksen Vain sana. Kuoro on laulanut myös oopperoissa Wagnerin Parsifal sekä Gluckin Orfeus ja Eurydike.