Harjun Kamarikuoron ohjelmisto on monipuolinen ja korkeatasoinen. Kuoro on esittänyt suuria kirkkomusiikkiteoksia useilta eri aikakausilta. Ohjelmistossa on niin Bachin, Händelin, Mozartin kuin Vivaldinkin musiikkia, mutta myös uudempaa musiikkia. A cappella -ohjelmisto sisältää 1900-luvun kirkkomusiikkiteoksia, kuten Joonas Kokkosen Laudatio Dominin, Einojuhani Rautavaaran Magnificatin ja Urmas Sisaskin Benediction. Lisäksi ohjelmistossa on pienimuotoisempia teoksia, ja perinteisistä sekakuorolauluista madrigaaleihin ja jazziin. Urkusäestykselliseen materiaaliin sisältyy esimerkiksi J. S. Bachin motetteja, Edward Elgarin teoksia ja Benjamin Brittenin Rejoice in the Lamb. Vuonna 2004 Kamarikuoro kantaesitti Jaakko Mäntyjärven teoksen Vain sana, ja myös Mäntyjärven virsidraama Salvat kuuluu ohjelmistoon.
Kirkkomusiikin suurista kuoroteoksista ohjelmistossa ovat olleet:
Johann Sebastian Bach
• Johannes-passio
• Matteus-passio
• Jouluoratorio
• h-mollimessu
• Magnificat
Georg Friedrich Händel
• Messias-oratorio
• Utrecht Te Deum
• Dixit Dominus
Ludvig van Beethoven
• C-duurimessu
Wolfgang Amadeus Mozart
• Missa Solemnis
Felix Mendelssohn Bartholdy
• Paulus-oratorio
Zoltan Kodaly
• Missa Brevis
Maurice Duruflé
• Requiem
Benjamin Britten
• Saint Nicholas-kantaatti
Alfred Schnittke
• Requiem
Claudio Monteverdi
• Maria-vesperit